Контракт на модернизацию самолетов ДРЛОиУ был подписан в 2013 году. Его стоимость составляет 215 миллионов долларов. Согласно требованию командования ВВС Бразилии, первый модернизированный самолет должен был быть поставлен военным до начала чемпионата мира по футболу. Он будет задействован на обеспечении безопасности мероприятия. По условиям соглашения, последний E-99M должен быть передан военным в 2017 году.

В рамках программы модернизации E-99 получил доработанную радиолокационную станцию Erieye. Улучшением последней занималась шведская компания Saab. На самолете улучшенный радар сопряжен с системой управления бразильской разработки. Кроме того, на E-99M установлена французские системы распознавания «свой-чужой» Thales BlueGate. В общей сложности через программу модернизации должны пройти пять летающих радаров.

Летающий радар E-99 создан на базе пассажирского лайнера Embraer ERJ145. Самолет способен развивать скорость до 834 километров в час и совершать полеты на расстояние до трех тысяч километров. E-99 оборудован импульсно-доплеровским радаром Erieye с фазированной антенной решеткой, способным обнаруживать цели на дальности до 450 километров.