Первый коммерческий рейс по маршруту, из Праги в Москву компания «Чехословацкие государственные авиалинии» выполнила 2 сентября 1936 года на самолете Airspeed Envoy AS-6 с регистрационным номером OK-BAL.  За десять часов самолет преодолел 2439 километров, выполнив пять промежуточных посадок в Ужгороде, Клуже, Яссах, Киеве и Брянске, приземлился в московском аэропорту Тушино.

Подготовка к открытию авиасообщения началась уже 16 мая 1935 года, когда был подписан межгосударственный договор между Чехословакией и СССР об авиасообщении между двумя столицами. Первый испытательный полет на планируемой авиалинии был выполнен авиакомпанией 9 сентября 1935 года, то есть за год до начала регулярного авиасообщения.

Коммерческое авиасообщение между Москвой и Прагой было открыто для публики в следующем году - 1 сентября 1936 года, когда в аэропорту Кбели приземлился самолет Аэрофлота ANT-9, зарегистрированный на маршруте из Москвы под номером URSS-M26. Самолет авиакомпании «Чехословацкие государственные авиалинии» вылетел в Москву днем позже.

Самолет Airspeed Envoy, оснащенный чешскими двигателями Walter, достигал максимальной скорости 300 км/ч и был в то время самой быстрой машиной во флотилии авиакомпании и первым самолетом с убирающимися стойками шасси. Вместимость салона самолета - 4 пассажира.

Экипаж первого рейса состоял из главного пилота ЧСА Карела Брабенеца, пилотировавшего исторически первый рейс авиакомпании из Праги в Братиславу 29 октября 1923 года, штурмана Бедржиха Coyкупа и бортинженера Владимира Чадcкoгo. Пассажирами первого рейса также были  генеральный директор «Чехословацких государственных  авиалиний» Франтишек Сточес и секретарь компании Вилем Бауер.

Полеты между Прагой и Москвой в 1936 году осуществлялись два раза в неделю. Авиабилет на рейс до Москвы в то время стоил 1600 чехословацких крон. В конце летнего сезона 31 октября 1936 года сообщение было приостановлено и возобновлено в летнем сезоне 1937 года.

В   1936 году  авиакомпания   «Чехословацкие   государственные  авиалинии»   выполняла регулярные   рейсы   в   общей   сложности   по   20   направлениям,   11   из   которых   были зарубежными,   9 внутренними. К зарубежным направлениям относились Вена, Загреб, Сплит, Сушак (сегодня Риека),  Дубровник, Клуж, Бухэрест, Яссы, Киев, Брянск, Москва. В границах Чехословакии компания  выполняла   регулярные   рейсы, в Карловы Вары, Марианские Лазне, Градец Кралове, Остраву, Брно, Братиславу, Пьештяны, Кошице и Ужгород. Общая протяженность всех авиалиний,  которые эксплуатировались компанией   ЧСА   в   1936 году,   составляла    6282 километра.   Авиационный   персонал авиакомпании состоял из 12 пилотов и 7 радистов.

Интересно, что вскоре после открытия маршрута между Прагой и Москвой «Чехословацкие государствениные   авиалинии»    начали   предлагать   пассажирам   возможность   заранее заказывать  в салон самолета оплачиваемое питание. С лета 1937 года авиакомпания стала выполнять рейсы  из  нового  аэропорта   Прага-Рузине,  и  в этом  же  1937 году  на  борту  самолетов ЧСА появились первые стюардессы.

Первым маршрутом,   по   которому после Второй  мировой   войны   было   возобновлено регулярное гражданское авиасообщение, был  маршрут именно между Прагой и Москвой. Это произошло 4 августа  1945 года, когда в аэропорту Рузине приземлился самолет Аэрофлота, следовавший по маршруту Москва-Минск-Варшава-Прага. Чехословацкие авиалинии возобновили рейсы в Москву в 1955 году с посадкой в Вильнюсе. До 8 декабря 1957 года эти рейсы осуществлялись на самолетах Ил-12Б.

9 декабря 1957 года полет в Москву был впервые выполнен на реактивном самолете Ту-104А. Авиакомпания Аэрофлот начала использовать реактивные самолеты на маршруте годом ранее - с 12 октября 1956 года. Так авиамаршрут Москва-Прага стал первым в мире, где эксплуатируются исключительно реактивные самолеты.  Наряду с Аэрофлотом «Чехословацкие авиалинии» стали одной из первых авиакомпаний в мире, начавшей эксплуатировать реактивные самолеты в гражданской авиации.

За все время эксплуатации маршрута в Москву авиакомпания Czech Airlines перевезла более 8 миллионов пассажиров, почти 20 тысяч тонн грузов и 9 тысяч тонн почтовых отправлений.

Сегодня между Москвой и Прагой Czech Airlines предлагают 16 рейсов туда/обратно в неделю, а благодаря сотрудничеству с кодшеринговыми партнерами, т.е. с авиакомпаниями Аэрофлот и Travel Service/SmartWings, пассажиры могут сделать выбор из 58 рейсов туда/обратно в неделю под кодом ОК.

Кроме того, компания Czech Airlines выполняет рейсы из Праги еще пo шести направлениям в Российской Федерации: Санкт-Петербург, Екатеринбург, Ростова-на-Дону, Самара, Казань. 

Czech Airlines - одна из четырех старейших авиакомпаний мира. Авиакомпания Czech Airlines является одним из основателей Международной ассоциации воздушного транспорта (IATА), а в 2001 году она стала членом глобального авиационного альянса SkyTeam. Акционерами авиакомпании Czech Airlines являются компании «Korean Air Lines» (44 %), «Travel Service» (34 %), «Czech Aeroholding» (19,735 %) и «Czech Insurance Company» (2,265 %). Благодаря сотрудничеству с партнерскими авиакомпаниями в летнем сезоне 2016 года пассажиры Czech Airlines могут воспользоваться регулярными рейсами в/из более чем 130 пунктов назначения в 45 странах мира.

За последние 20 лет между Прагой и Москвой Czech Airlines выполнили в целом 32 189 рейсов туда/обратно, пролетев 114547 837 километров, что в 2858 раз превышает окружность земного шара по экватору.

3а первые шесть месяцев 2016 года авиакомпания перевезла по всем своим маршрутам 1,01 млн пассажиров. В летнем сезоне 2016 года авиакомпании Czech Airlines выполняет регулярные рейсы в 47 пунктов назначения в 24 странах мира. Среднегодовой показатель говорит о росте объемов на 12 %, за аналогичный период прошлого года было перевезено 903 тыс. пассажиров. Еще 200 тыс. пассажиров в нынешнем году Czech Airlines  перевезла на рейсах других авиакомпаний, арендовавших ее самолеты.